Die geschichtliche Entwicklung der Stadt Klausen wurde durch den Handels- und Reiseverkehr über den Brenner bestimmt. An der Talenge zwischen Säbener Fels und Eisack, wo dieser Verkehr leicht zu überprüfen war, entstand eine Zollstätte. Diese wird zum ersten Male im Jahre 1027 geschichtlich genannt, als Kaiser Konrad II. die Grafschaften am Inn und Eisack und damit auch die Zollstätte in Klausen als „clusa sub Sabione sita“ dem Brixener Bischof Hartwig übergab. Die strategische, politische und wirtschaftliche Bedeutung der Engstelle sorgte für eine rasche Entwicklung der Stadt. Dazu einige Jahreszahlen:
- 1208 ließ Bischof Konrad von Rodank in den Spitalwiesen nördlich der Stadt ein Pilgerhospiz erbauen. Es diente Pilgern und Kreuzfahrern zur Verpflegung und Beherbergung, aber auch zu deren Pflege im Falle von Erkrankungen, die bei den damaligen Reisebedingungen sicherlich keine Seltenheit waren.
- 1220 wird K1ausen in einer Urkunde als "forum" (= Marktflecken) bezeichnet.
- 1280/1283 werden die Bürger bereits als "cives" (= Bürger) bezeichnet.
- 1308 wird die Bezeichnung „stat“ zum ersten Male verwendet.
- 1397 scheint urkundlich zum ersten Male der silberne Schlüssel als Wappen auf. Er weist, genauso wie der Name der Stadt, auf die bestehende Klause und Zollstätte hin.
- Ab dem 15. Jahrhundert begünstigt ein weiterer Faktor die Entwicklung Klausens, nämlich der Erzabbau am Pfunderer Berg oberhalb von Villanders. Dadurch wird die Stadt der Sitz eines Berggerichtes für ein ausgedehntes Gebiet.
- 1809 retteten die Diplomatie und die Besonnenheit des Bürgermeisters Josef von Perlath, Edler von Kaltenburg, die Stadt vor Brandschatzung und Zerstörung durch die Franzosen. Dieses Ereignis ist in einem Relief an der Außenseite der Pfarrkirche dargestellt.
Um durchreisenden Gästen Unterkunft und Verpflegung zu bieten, hat sich in Klausen seit jeher eine bedeutende Wirtshaus – Kultur etabliert. In den letzten Jahrzehnten des 19. Jahrhunderts entwickelte sich die Stadt aber von einem Stützpunkt entlang der Straße zu einem eigenen Urlaubsort. Grund für diese Entwicklung war die Theorie, dass Walther von der Vogelweide im nahen Lajener Ried geboren wäre. Die einsetzende „Walthereuphorie“ hat das kleine Klausen sehr schnell berühmt gemacht und Gelehrte, Dichter und eine immer größere werdende Zahl von Malern und Künstlern hierher gebracht.
Wie andere Städte und Ortschaften Südtirols hatte auch Klausen wegen seiner Lage in der Talsohle am Zusammenfluss von Eisack und Tinnebach oft unter Hochwasser zu leiden. Die letzte große Katastrophe ereignete sich am 9. August 1921, als der Eisack, vom tosenden Tinnebach aufgestaut, die Stadt mehrere Monate lang zum Teil meterhoch unter Wasser setzte. Etliche Wassermarken, die noch heute an Bauwerken zu sehen sind, geben davon eindrucksvoll Zeugnis.
Die Ortschaften Latzfons, Verdings und Gufidaun haben meist eine von der Stadt unabhängige geschichtliche Entwicklung durchgemacht. Sie sind durchwegs älter als die Stadt, verloren aber ihre Bedeutung, nachdem ab der Jahrtausendwende sich der Verkehr mehr und mehr in die Talsohle verlagerte.
Latzfons scheint als Lazevunes schon 1050 zum ersten Male auf. Es lag an der Höhenstraße, die von Brixen aus nach Süden führte. Der Name bedeutet wohl „bei den ergiebigen Quellen (latas fontes)“. Bereits um 1000 wurde Latzfons Pfarre und später auch Sitz eines selbständigen Gerichtes. Verdings scheint um 1211 als Fridinnes auf. Der Ortsname dürfte vorrömischen Ursprungs sein.
Gufidaun taucht in den Urkunden um 950 als Cubidunes auf. Der Name ist rätoromanischen Ursprungs und bedeutet wahrscheinlich „großes, ellenbogenförmiges Gelände“. Das Dorf war seit 1220 Sitz eines ausgedehnten Hochgerichtes, das im Laufe der Geschichte von einflussreichen Tiroler Adelsgeschlechtern verwaltet wurde.